怀孕初期小肚子隐隐作痛，可能是由生理因素、先兆流产、异位妊娠、妇科疾病等因素导致的。

生理因素：受孕卵着床后，孕妇可能会出现生理性的小腹疼痛，但疼痛不明显，可能自行缓解，无需特殊治疗。

先兆流产：胚胎不稳定性导致孕妇护理不当，可能引发先兆流产，同时出现小腹隐痛和阴道经度出血。

异位妊娠：受孕卵在子宫外着床，导致小腹疼痛逐渐加重，伴有阴道持续或间断性出血。

妇科疾病：盆腔炎、盆腔局部损伤等，可能导致小腹隐痛，甚至伴随阴道分泌物增多和轻度出血。

此外，小腹外伤、带状疱疹等因素也可能导致怀孕初期小肚子隐隐作痛，建议及时就医检查和治疗。